A partir do século XVII ocorreram movimentos coloniais de contestação a medidas isoladas adotadas pela Coroa portuguesa no Brasil. Contudo, essas manifestações não chegavam a defender uma profunda alteração na estrutura socioeconômica da América portuguesa. A abolição da escravidão, por exemplo, não estava em pauta. Vejamos alguns desses movimentos:
REVOLTA DE BECKMAN - Maranhão, 1684
Em 1682, foi criada a Companhia Geral do Comércio do Estado do Maranhão para conter os atritos entre fazendeiros e religiosos acerca do trabalho escravo indígena (que era mais barato que o uso de mão-de-obra escrava africana). A Companhia se comprometia a vender aos habitantes da região produtos europeus, tais como azeite, vinho e tecidos. Em contrapartida, os habitantes daquele local venderiam à Companhia produtos feitos na região do Maranhão, tais como algodão, açúcar, madeira e as famosas drogas do sertão, que seriam levados pela Companhia para a Europa. Ademais, para solucionar o problema da necessidade de mão-de-obra, a Companhia também se comprometeu a fornecer 500 escravos africanos por ano à região, tendo em vista a resistência dos jesuítas em permitir a escravidão indígena.
Como a Companhia, detentora da exclusividade comercial na região, vendia seus produtos a preços altos e pagava pouco pelos produtos coloniais, os habitantes do Maranhão estavam cada vez mais insatisfeitos. O descontentamento aumentou quando a Companhia não cumpriu com o acordo de fornecimento de escravos africanos. O fazendeiro Manuel Beckman liderou então um grupo de revoltosos que ocupou a cidade de São Luís e expulsou os representantes da Companhia e os jesuítas, governando o Maranhão por quase um ano. Tomás Beckman, irmão de Manuel, foi a Lisboa para declarar fidelidade ao rei e reforçar as acusações contra a Companhia. A Coroa enviou Gomes Freire de Andrade para ser o novo governador do Maranhão. Também foram enviadas tropas para combater os revoltosos. Manuel Beckman e Jorge Sampaio, principais líderes do movimento, foram enforcados, mas a Companhia foi extinta em 1685, depois que foram confirmadas as queixas dos fazendeiros.
GUERRA DOS EMBOABAS - Minas Gerais, 1708-1709
No século XVIII, com a descoberta de ouro na região do atual estado de Minas Gerais, europeus e colonos de outras províncias da América portuguesa foram atraídos para a região das minas e entraram em conflito com os bandeirantes paulistas, que haviam sido os primeiros a encontrar ouro na região. Os paulistas apelidaram os migrantes de "emboabas", palavra indígena que designava as aves que tinham penas até os pés, porque, ao contrário dos bandeirantes que costumavam andar descalços, os migrantes eram mais adeptos do uso de botas.
Liderados por Manuel Viana, os emboabas enfrentaram os paulistas em vários combates, como no ocorrido no chamado Capão da Traição, onde cerca de 300 bandeirantes paulistas foram cercados e massacrados mesmo após terem se rendido aos emboabas. No intuito de pacificar e melhorar a administração da região, o governo português separou a capitania de São Paulo e Minas Gerais da capitania do Rio de Janeiro. Os bandeirantes paulistas partiram em busca de ouro na direção dos atuais estados de Goiás e Mato Grosso. Alguns conseguiram se enriquecer no interior da América portuguesa e acabaram voltando para São Paulo, onde fariam a integração da economia paulista à economia mineira por meio de unidades de produção de gêneros de abastecimento para a região das minas.
GUERRA DOS MASCATES - Pernambuco, 1710-1711
Após a expulsão dos holandeses do Nordeste da América portuguesa e a crise da economia açucareira decorrente disso, a aristocracia rural de Olinda, em Pernambuco, entrou em sérias dificuldades econômicas, embora ainda controlasse a vida política da capitania por meio da câmara municipal. Enquanto isso, o povoado de Recife se tornava um importante centro econômico local, notadamente por meio da atuação dos mascates, comerciantes portugueses que lucravam muito com sua atividade e até emprestavam dinheiro a juros altos aos olindenses em dificuldades.
Em 1709, Recife se emancipou de Olinda, tornando-se uma vila independente, fato que revoltou os olindenses e deu início à chamada Guerra dos Mascates. Nomeado pela Coroa, o governador pernambucano Félix José Machado prendeu os envolvidos no conflito e manteve a autonomia de Recife, que acabaria se transformando na sede administrativa de Pernambuco.
REVOLTA DE FILIPE DOS SANTOS - Vila Rica, Minas Gerais, 1720
Com os crescentes impostos cobrados da colônia e a institucionalização das casas de fundição na região das minas, cerca de 2 mil mineradores demonstraram o seu descontentamento com tais medidas dirigindo-se ao governador local, o conde de Assumar. O governador prometeu não instalar as casas de fundição, bem como acabar com vários impostos sobre a atividade comercial na região.
Contudo, o governador reuniu muitas tropas e as lançou contra os revoltosos de Vila Rica, prendendo muitos deles e queimando diversas casas. O português Filipe dos Santos, que havia tentado libertar alguns presos, foi condenado à morte, enforcado e esquartejado para servir de exemplo aos colonos. As casas de fundição foram mantidas e Minas Gerais foi separada da capitania de São Paulo, para que se aumentasse o controle sobre a região mineradora.
